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第二届大选在1964年举行，也是马来西亚在1963年9月16日成立之后的第一次大选；竞选期34天，投票率79%。
这场大选在马印对抗的时代背景下进行。此时政局动荡不安，人心惶惶，考验各族人民对马来西亚的效忠。联盟取得辉煌成绩，伊党继续执政吉兰丹。
反对党在大选中受重挫，多位重量级候选人败选。不过，却又两个新的反对党冒起，即李光耀领导的人民行动党和林苍佑主导的民主联合党。
马来西亚成立后，新加坡首席部长李光耀的人民行动党原想取代马华成为巫统的华人伙伴，无法如愿以偿。东姑在1965年把新加坡赶出马来西亚，避免马新两地执政党正面冲突的流血风险。
至于退出马华的林苍佑，成立多元种族路线的民主联合党，由巫裔领袖担任党主席。不过，该党的成绩不理想，除了林苍佑中选国会议员，以及他的选区附近一些州议席获胜之外，其他选区都失败。
