第三届大选在1969年5月10日举行，联盟在这场选举中蒙受重挫，引发513种族暴乱和流血事件，国家进入紧急状态。
尔后的政局发展，如联盟扩大至国阵和新经济政策的制定等影响深远至今。这场大选改变了大马政局走向，改写多名政治人物的命运，如东姑阿都拉曼下台，敦拉萨续任，马华惨败退出内阁（马华在新的内阁中，失去财政部长和贸工部长职）等。
当时大选气氛紧张，劳工党决定抵制大选，主办群众运动，呼吁选民不要投票。另外一些政党则以华裔和印裔的政治地位、语言和文化等敏感课题作为主要的竞选课题，激发人民的情绪。
联盟的地位受到反对党的强大威胁，就连巫统也受到伊党和人民党的挑战。
513事件导致国家元首宣布，全国进入紧急状态，国州议会被解散。以拉萨为首的国家行动理事会掌握实权，取代民选政府。政府事后发表513事件的白皮书，把事件的根源归咎于种族经济的悬殊和分化。
1968年成立的民政党在大选中，竟然夺得槟城州政权，林苍佑取代马华的王保尼成为第二任首长。
1966年诞生的行动党首次参加大选就一鸣惊人，赢得13国31州席。火箭的辉煌战绩，多少应归功于统治新加坡的人民行动党在西马遗留下的影响力。
拉萨在1974年成立国阵，把所有反对党拉拢在一起，伊党也加入，分享政治政治资源和权力；西马不加入的只有行动党一个，东马则是砂国民党。
